Kirken er en sterk forkjemper med hensyn til å samarbeide med alle religioner om saker som er viktige for alle religioner. Scientologer arbeider sammen med representanter fra mange religioner for å støtte og oppmuntre til dialog mellom andre religioner, til religiøs frihet og for respekt for religion er i samfunnet.
Scientologer har aktivt kjempet for religiøs frihet i Europa. I Frankrike samlet flere tusen scientologer seg for å proklamere en «Erklæring om religionsfrihet», som senere ble akseptert av Europarådet. I Danmark er scientologer aktive medlemmer av det danske Interfaith Forum, en åpenhjertig stemme for religiøs frihet i hele Skandinavia. I Belgia spilte Scientology Kirken en sentral rolle i etableringen av Det økumeniske europeiske råd for religiøse bevegelser, hvis medlemmer representerer sine respektive kirker i forbindelse med spørsmål om religionsfrihet.
Scientology Kirker har også arrangert mange multireligiøse konferanser i Europa og USA for å tilskynde religioner til å arbeide sammen i kampen for religiøs frihet og toleranse. I Russland hjalp scientologer til med å avholde en rekke rundbords-konferanser på høyt nivå om emnet, noen i samarbeid med den føderale ombudsmanns kontor og det russiske akademiet for statskunnskap.
I kjølvannet av 11. september 2001, World Trade Center-katastrofen, var Scientology Kirken i England vert for en internasjonal konferanse med tittelen: «Å utfylle det moralske vakuumet.» De 75 deltagerne omfattet religiøse ledere, menneskerettighetsaktivister og akademikere fra Europa, Asia, Afrika, USA og Canada.
I Los Angeles og andre steder sitter Scientology-prester som presteråd sponset av politimyndighetene, inklusive Los Angeles County Sheriff's Department og Los Angeles Police Department. Disse rådene avholder samfunnsarrangementer for å hjelpe ungdommen i den indre by med å finne formål og retning i sine liv.
