Scientology Kirken er organisert i en kirkelig struktur som forener og retter inn en mangfoldighet av forskjellige religiøse aktiviteter, herunder ikke bare det å levere Scientologys religiøse tjenester og praksis, men også verving av nye tilhengere, geistlig ledelse, viderebringing av kommunikasjon, produksjon av dissemineringsmaterialer og mange andre funksjoner. Slik forenes Scientologys religiøse samfunn av både felles tro og praksis og en organisatorisk form som er unikt tilpasset dets religiøse misjon.
På de lavere nivåer i dette hierarki er individuelle feltauditører, Scientology-grupper og kirkemisjoner involvert i å levere innledende auditering og trening. På de øvre nivåene er det større kirkeorganisasjoner som leverer de avanserte nivåene av religiøse servicer med auditering og trening.
På internasjonalt nivå er det et system av kirkeledelse som innbefatter alle Scientology Kirkene. Fra Church of Scientology International, gjennom en rekke Kontinentale forbindelseskontorer ansvarlige for geografiske soner, arbeider denne ledelsesstrukturen med å støtte, koordinere og å sikre at den åndelige filosofien og teknologiene Dianetics og Scientology er tilgjengelige for alle som ønsker å motta dem, og at Scientology-servicer anvendes nøyaktig som fastlagt av L. Ron Hubbard.
Fordi Scientology-skrifter krever at den religiøse praksisen leveres på en ortodoks måte, er den hierarkiske strukturen med på å sikre at individuelle Kirker får den kirkelige støtten og veiledningen som trengs for å gjøre dette. Alle scientologer er dermed sikret en ortodoks religiøs overholdelse i hver kirke i hele verden.
Hver enkelt Scientology Kirke er opprettet som en separat enhet og ledes av sitt eget styre. Lederne og styremedlemmene utgjør også Kirkens kirkelige ledelse og er fullt ut ansvarlige for å stille servicer til rådighet for menighetsmedlemmene sine.
